Эта история началась двенадцать лет назад, когда Арима еще учился в старшей школе. Теперь он вместе с бывшим одноклассником по ночам охотится на гулей.
На горе Гинко натыкается на девушку, из тела которой растут ветви с листьями. Вскоре он поймёт, что она является хранителем горы, и встретит её брата, который уже давно ищет сестру.
Все живут мирной жизнью до поры до времени...пока над городом не появляется невидимая сфера, которую видит лишь Шидо. Это сфера является скоплением всех противоречивых чувств духов, которые запечатал Шидо и одному богу известно, что случится если эта сфера взорвется. Итак, новое свидание начинается.
Противостояние главного героя и команды SEES со странными монстрами, называемыми Тенями, приближается к концу. Макото и его сторонники ведут сражения насмерть, чтобы положить конец Тёмному Часу. В окружении Макото появляется загадочный студент по обмену. Шестерни судьбы начинают вращаться с каждым новым утром для SEES. Между героями нарастает напряжение.
Девушка Тэцуко перевелась в новую школу. Общение с новыми одноклассниками не особо складывается, да и парта ей досталась пропавшего при странных обстоятельств ученика по прозвищу Иуда, который, судя по слухам, был убит. Решив разгадать тайну исчезновения Иуды, Тэцуко знакомится с девушкой Ханой, и они вместе начинают расследование.
Девушка потеряла возможность говорить. В детстве по её вине распалась семья, а позже откуда ни возьмись появился дух в виде яйца и, чтобы она больше никого не ранила, «запечатал» её речь.
Действие разворачивается на отдалённом острове, в некой средней школе накануне местного фестиваля. В один прекрасный день герой-ОЯШ внезапно бросает бейсбол, в который играл всю жизнь, крепко ругается с лучшим другом и встречает загадочную красноглазую девушку по имени Норуда. А потом на его школу обрушивается мощный тайфун.
Ящик знаний — пространство без гравитации с неисчислимым количеством сияющих различными цветами огней. Внутри него находится множество временных потоков и миров, используемых для существования многих людей, и в которых Дуал и Дороти сражаются с врагами, именуемыми Вирусами. Заражённые Вирусами миры должны быть уничтожены, и это — долг и работа этих девушек. Однажды они чувствуют присутствие нового Вируса и, прибыв на место, встречают атакованную Вирусом девушку. После спасения Дуал и Дороти
Благодаря новейшим нанотехнологиям в области медицины, высокому уровню социального и этического обеспечения, а также взаимному уважению в будущем мир наконец-то достиг утопии. Однако этот идеальный мир не так идеален. Три девушки, решив возразить тоталитарной доброте и «сверхмедицине», пытаются покончить с собой путем голодовки, но у них ничего не выходит. Повзрослев, одна из них - Туан Кири - вступает во Всемирную Организацию Здравоохранения. И когда новый мир начинает переживать серьезный
Токийский парень Таки и провинциальная девушка Мицуха обнаруживают, что между ними существует странная связь. Во сне они меняются телами и проживают жизни друг друга. Но однажды эта способность исчезает так же внезапно, как появилась. Таки решает во что бы то ни стало отыскать Мицуху.